AIM-54 ECCM / Sealed AIM-54C در طول دوران تولید، بارها مورد ارتقاء و بهبود قرار گرفت. اندکی پس از آغاز تولید، سرجنگی نوع MK 82 با نوع جدیدتر WDU-29/B که درون محفظهء WAU-16/B یا WAU-20/B قرار میگرفت، جایگزین گشت. WDU/20/B حدود 20 تا 25 درصد تاثیر بیشتری در جهت انهدام هدف، بر جای میگذاشت. بهبود دیگر، افزودن یک خنثاکنندهء دمای درون (خنک کننده) موشک بود که اف14 را از حمل مایع مخصوص خنککنندگی در حین پرواز، بینیاز میکرد. موشکهایی که دارای چنین خصیصهای باشند، اولین بار به سال 1986 تحویل نیروی دریایی گشتند و از آنها با نام Sealed یا گاهی اوقات + AIM-54C یاد میشود.
در طول مدت تولید فونیکس، قابلیت ECCM مدام دچار پیشرفت و بهینه سازی شده است. موشکهای Sealed و AIM-54C که دارای ECCM بهبود یافته میباشند، در نیروی دریایی ایالات متحده به نامهای AIM-54C ECCM / Sealed شناخته میشوند. این نوع از فونیکس، به سال 1988 رسمن در اختیار نیروی دریایی قرار گرفت. هدایتپذیری و سطوح کنترلی موشک نوع ECCM/Sealed جداگانه و با اسامی WGU-17/B و WCU-12/B معرفی شدهاند. در این موشکها، از محفظههای سرجنگی WAU-19/B و WAU-21/B استفاده شده است. بهبود دیگر، افزودن یک حافظهء قابل برنامهریزی و نرمافزار جدید جهت پردازشگر سیگنال بود.
هنگامی که تولید AIM-54 در اوئل دههء 1990 متوقف شد، بیش از 5000 موشک AIM-54 از تمامی گونهها ساخته شده بود، که حدود نیمی از این تعداد، AIM-54C بود؛ همچنین آنچه از موجودی AIM-54A باقی مانده بود، روانهء انبارهای نیروی دریایی شد.
پاپان کار فونیکس از آنجا که فونیکس تنها توسط جنگندهء شکاری F-14 Tomcat قابل استفاده میباشد، این موشک قرار بود تا زمانی که اف14 در خدمت است، همچنان به حیات خود ادامه دهد. طبق برنامهریزی انجام شده، قرار شده بود که اف14 تا اول سال 2007 از رده خارج شود؛ با این حال نیروی دریایی طی بیانیهای به تاریخ 30 سپتامبر 2004 رسمن اعلام کرد که موشک AIM-54 Phoenix را از خدمت خارج کرده است.
موشک AIM-54 در اصل برای رهگیری و منهدم کردن بمبافکنهای استراتژیک شوروی و تهدیدات آنها علیه ناوگان نیروی دریایی ایالات متحده ساخته شده بود و امروزه دیگر چنین تهدیدی برای ناوگان نیروی دریایی وجود ندارد. اگرچه به لحاظ تئوری، فونیکس بر علیه موشکهای ضدکشتی که دارای سرعت بالا و ارتفاع پروازی کم هستند، میتوانست به کار گرفته شود، اما امروزه، سلاحهای موثری غیر از فونیکس برای این امر وجود دارند.
امروزه، هیج برنامهای برای ساخت موشکی با قابلیتها و توان مشابه به جای فونیکس وجود ندارد. با از رده خارج شدن ترکیب جنگندههای F-14 و موشکهای AIM-54، وظیفهء دفاع هوایی بر عهدهء جنگندههای F/A-18E/F Super Hornet میباشد که قرار است به زودی به موشکهای میان برد IM-120C/D AMRAAM تجهیز شوند.